python h5py笔记

python包安装

~$:pip install h5py

简介

创建和打开h5py文件

f = h5py.File(“pathname”,“w”)
w create file, truncate if exist
w- or x create file,fail if exists
r readonly, file must be exist r+ read/write,file must be exist
a read/write if exists,create othrewise (default)

删除一个dataset或者group

1	del group["dataset_name/group_name"]

dataset

什么是dataset

datasets和numpy arrays挺像的

创建一个dataset

1
2
3

f = h5py.File("pathname","w")
f.create_dataset("dataset_name", (10,), dtype='i')
f.create_dataset("dataset_name", (10,), dtype='c')

第一个参数是dataset的名字, 第二个参数是dataset的shape, dtype参数是dataset中元素的类型。

如何访问一个dataset

1 2	dataset = f["dataset_name"] # acess like a python dict dataset = f.create_dateset("dataset_name") # or create a new dataset

dataset的属性

dataset.name #输出dataset的名字
dataset.tdype #输出dataset中elements的type
dataset.shape #输出dataset的shape
dataset.value
dataset doesn’t hava attrs like keys,values,items,etc…

给h5py dataset复制numpy array

1 2	array = np.zero((2,3,4) h['array'] = array # in h5py file, you need't to explicit declare the shape of array, just assign it an object of numpy array

group

什么是group

group和字典挺像的

创建一个group

1
2
3

group = f.create_group("group_name")    #在f下创建一个group
group.create_group("group_name")        #在group下创建一个group
group.create_dataset("dataset_name")    #在group下创建一个dataset

访问一个group(the same as dataset)

1 2	group = f["group_name"] # acess like a python dict group = f.create_dateset("group_name") # or create a new group

group的属性和方法

group.name #输出group的名字
以下内容分为python2和python3版本

python 2 版本

group.values() #输出group的value
group.keys() #输出gorup的keys
group.items() #输出group中所有的item，包含group和dataste

python 3 版本

list(group.keys())
list(group.values())
list(group.items())

属性

设置dataset属性

dataset.attrs[“attr_name”]=“attr_value” #设置attr
print(dataset.attrs[“attr_name”]) #访问attr

设置group属性

group.attrs[“attr_name”]=“attr_value” #设置attr
print(group.attrs[“attr_name”]) #访问attr

numpy and h5py

f = h5py.File(pathname,"r")

data = f['data']    # type 是dataset
data = f['data'][:] #type是numpy ndarray
f.close()

参考文献

1.http://docs.h5py.org/en/latest/index.html
2.https://stackoverflow.com/questions/31037088/discovering-keys-using-h5py-in-python3